Здание официально не признано памятником архитектуры и даже в свое время могло быть снесено. Однако эти факты не лишают вокзал исторической значимости – он отражает настроение своей эпохи, рассказывая об очередном этапе развития российской столицы.
Деревянный предок
Южный речной вокзал в том виде, что его можно наблюдать сейчас, появился не сразу. Построенный в 1932 году, он был выполнен преимущественно из дерева – только центральные секции корпусов были кирпичными. Интересно, что и располагался вокзал в ином месте – в Кожуховской гавани у Даниловского моста, соединявшего берега Москвы-реки.
Уже на этапе строительства здание было обозначено как временное. Его возводили на земляной насыпи с расчетом на перенос в будущем. Вокзал состоял из двух павильонов. Один обслуживал пригородное сообщение, второй – основное.
Соединял павильоны небольшой одноэтажный переход. В основной части вокзала функционировали ресторан и гостиница, в пригородной находились кассы, зал ожидания. Особенностью экстерьера здания стал купол, на котором возвышался шпиль с шаром – здесь планировалось установить своего рода маяк.
Серьезную значимость вокзал имел в годы Великой Отечественной войны. Тогда его активно использовали для организации эвакуации населения.
Вокзал-дебаркадер
В 1972 году Южный речной вокзал было решено перенести ниже по течению, на Нагатинскую пойму. 
Его временное расположение оказалось на дебаркадере, стоявшем на правобережье Москвы-Реки. Кстати, этот дебаркадер функционирует и сегодня – жителям столицы он известен как пристань «Кленовый бульвар».
Современный вокзал
В 1985 году было завершено строительство нового Южного речного вокзала. Это двухэтажное здание, как и многие постройки того времени, получило широкие и высокие окна, по сути формирующие фронтальную стену. Фасад вокзала украшали скульптуры с изображением женщин – каждая символизировала одно из пяти морей, к которым Москва имеет доступ. К сожалению, после проведенного в 2013 году ремонта эти скульптуры исчезли, как и знак «Южный речной порт».
Первых пассажиров новый вокзал принял в 1986 году. Дебютным рейсом стал теплоход «Павел Юдин», отправившийся в туристическую поездку до Астрахани. К сожалению, постепенно загруженность вокзала снижалась, и даже регулярно проходящее здесь открытие сезона навигации было перенесено в 2013 году в парке им. Горького.
В 2017 году администрация Москвы хотела признать Южный речной вокзал незаконной постройкой и обратилась в арбитражный суд с иском по сносу здания. Однако суд иск отклонил, и вокзал по-прежнему стоит на набережной Нагатинской поймы, ожидая туристические визиты жителей и гостей столицы.